Фамилия Мехонина — это женская форма, а её мужской вариант — Мехонин. Чтобы понять происхождение, нужно разобрать основу. Она образована с помощью суффикса -ин, что в русской ономастике указывает на принадлежность: Мехонин буквально значит «сын Мехо́ни» или «человек из рода Мехо́ни». Такой суффиксальный тип (от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я) — один из самых распространённых на севере и востоке Руси, в новгородских и вятских землях.

Сама основа «Мехоня» — это нецерковное прозвище. В русских говорах слово «мехо́ня» имело несколько значений. Чаще всего так называли человека медлительного, неповоротливого, вялого — от глагола «мешкать» (медлить). В некоторых диалектах, особенно пермских и уральских, «мехоня» могло означать и запасливого хозяина, который всё тащит в дом, словно в мешок. Есть и другая версия: прозвище могли дать мастеру, работавшему с мехами (скорняку), но она менее вероятна — для скорняка чаще использовали прозвище Меховой или Меховик.

Словообразовательная модель проста: от прозвища Мехоня через притяжательное прилагательное (Мехонин сын) закрепилась как фамилия. Интересно, что фамилия Мехонин встречается в основном на территории бывшей Вятской губернии (современные Кировская область, Удмуртия) и в Пермском крае. Это совпадает с ареалом бытования слова «мехоня» именно в значении «медлительный человек». В других регионах фамилия редка.

С точки зрения социальной истории, Мехонины — это, скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, а не дворян. Фамилия не относится к числу аристократических, её носители в документах XVI–XVII веков — это крестьяне и ремесленники. Встречается также вариант написания «Механина» (с буквой «а»), но это уже результат поздней орфографической путаницы или влияния местного произношения.