Фамилия Мелькоянц — редкий пример армянской фамилии, которая закрепилась в русской среде, сохранив при этом исконный суффикс. Её основа — мужское имя Мелькон, армянский вариант имени Мелхиседек (в переводе с древнееврейского — «царь правды» или «царь мой — правда»). В армянском именослове имя Мелькон было распространено, а фамилии на -янц (или -ян) образовывались по модели «чей?» — то есть «из рода Мелькона».

Окончание -янц выдает не просто армянское происхождение, а принадлежность к определённой диаспорной волне. В самой Армении преобладает форма Мельконян (с суффиксом -ян), а вариант на -янц характерен для армян, живших на территории Российской империи, особенно в южных губерниях — на Кубани, Ставрополье, в Крыму. Там под влиянием русской бюрократической традиции фамилии нередко записывали с окончанием -ц, которое воспринималось как «русский» падежный суффикс (сравните: немец, молдаванин — отсюда «армянец»). Со временем такое написание закрепилось в документах.

Гласная «о» в корне (Мелько- вместо Мелька-) — результат адаптации: в русском языке безударная «а» звучит как «а», но на письме её могли заменить на «о» под влиянием церковнославянского произношения или просто из-за ошибки писаря. Встречаются и варианты Мелконянц, Мелкоянц — все они восходят к одному и тому же имени.

Таким образом, Мелькоянц — это фамилия не просто «армянская», а русско-армянская по своему оформлению. Носитель такой фамилии почти наверняка происходит из армянской общины, которая обосновалась на юге России в XIX — начале XX века. Сословно это могли быть как купцы и ремесленники, так и крестьяне — армяне в Российской империи не были приписаны к одному сословию, а жили своими колониями. Прямых указаний на знатность или духовное звание фамилия не несёт.