Фамилия Мендекинов — одна из тех, где основа настолько неочевидна, что сразу тянет искать иноязычные корни. И это логично, потому что русская модель образования здесь накладывается на нерусскую основу. Суффикс -ов указывает на типичную патронимическую форму: «чей?» — Мендекинов, то есть сын или потомок Мендекина. Но если отбросить суффикс, остаётся корень Мендекин, который в русском языке как имя или прозвище не встречается.

Наиболее вероятное объяснение — тюркское происхождение. Основа Мендек (Мендик) восходит к тюркскому личному имени или прозвищу. В казахском, башкирском, татарском языках «мендек» может означать «слабый», «хилый», «малорослый». В ономастике это частый случай: имя давали как оберег, чтобы злые силы не позарились на ребёнка. Считалось, что если назвать сына «слабым», он вырастет сильным. Форма Мендекин — это уже русифицированный вариант с добавлением русского суффикса -ин, который превратил тюркское имя в фамилию. Затем нарастили ещё один патронимический суффикс -ов, и получился Мендекинов: «внук Мендекина».

Есть и менее вероятная, но возможная версия — связь с арабским именем Мандик (уменьшительное от Мухаммад). В этом случае фамилия прошла через цепочку фонетических изменений: Мандик → Мендик → Мендекин → Мендекинов. Такое встречается в среде поволжских татар и башкир, где арабские имена адаптировались под местное произношение.

Географически фамилия редкая, но её концентрация заметна в Оренбургской области, Башкортостане и среди казахов северо-западного Казахстана. Это указывает на регион, где веками жили бок о бок тюркские и русские крестьяне, казаки и переселенцы. Носители фамилии, скорее всего, были выходцами из татарских или башкирских родов, принявших православие или просто вошедших в русскую сословную систему. Фамилия не дворянская и не купеческая — это крестьянский или казачий род, где имя-прозвище закрепилось как родовое.

Словообразовательная конструкция Мендекинов — хороший пример двойной русификации: сначала тюркское имя превратили в Мендекин (по модели «отец + -ин»), а затем к этой форме добавили стандартный русский суффиксальный патроним -ов. Такая многослойность — верный признак позднего оформления фамилии, когда предки уже жили в русскоязычной среде, но ещё помнили своё родовое прозвище.