Фамилия Мендекинова — редкий и выразительный пример, в котором женская форма закрепилась как основная. В русской традиции фамилии на -ов, -ев, -ин обычно передаются по мужской линии, но в некоторых случаях, особенно при фиксации в документах XIX — начала XX века, записывали форму жены или вдовы. Так что Мендекинова — это буквально «жена (или дочь) Мендекина». Сама мужская основа Мендекин, скорее всего, образована от тюркского имени Мендике, Мендек или Мендеке.

Корень слова восходит к тюркскому «мен» — «родинка, родимое пятно». В кочевых культурах родинка на теле считалась особым знаком, и имена с этим корнем давали детям, чтобы защитить их или отметить их необычность. Имя Мендике (или Мендек) — уменьшительно-ласкательная форма, типичная для казахского, башкирского, татарского или ногайского именослова. Суффикс -ке/-ке придаёт значение «маленький, с родинкой» или «родинка-крошка».

С точки зрения словообразования, фамилия прошла два этапа. Сначала к основе Мендек- добавили русский патронимический суффикс -ин, чтобы получить фамилию отца или мужа: Мендекин. А затем, при записи женщины, к ней прибавили окончание -а, получив Мендекинова. Это не «фамилия мужа в женском роде», а именно фиксация женского варианта как самостоятельной фамилии — явление нечастое, но встречающееся в метрических книгах и ревизских сказках Поволжья и Южного Урала.

Носители фамилии Мендекинова, судя по географии, сосредоточены в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане. Это регионы, где веками жили башкиры, татары и казахи, принимавшие православие или остававшиеся в исламе, но получавшие русские фамилии при переписях. Прозвище или имя предка — Мендеке — могло относиться к человеку с заметной родинкой на лице или к ребенку, рожденному под знаком «родинки» (согласно местным поверьям).

В отличие от распространенных фамилий на -ов, Мендекинова сохраняет тюркскую огласовку основы: ударение падает на второй слог (Мен-де-ки́-но-ва), что указывает на прямое заимствование без обрусевшего переосмысления. Если бы фамилия осмыслялась как «менделеевская» или от русского глагола, ударение сместилось бы на первый слог. Это косвенно подтверждает её восточное происхождение.

Единственное, что можно сказать с уверенностью: предки носительниц этой фамилии жили в зоне тюркско-русского пограничья, а их родовое имя связано с личной приметой — родинкой. Никаких дворянских корней или громких исторических личностей за этой фамилией не числится, что типично для крестьянских и казачьих родов, получивших фамилии по прозвищам.