Фамилия Меньшеков — один из тех редких случаев, где написание и произношение расходятся с логикой словообразования. На слух она почти неотличима от распространённой фамилии Меньшиков, но пишется через «е» во втором слоге: Меньшеков. Эта орфографическая особенность и ведёт к разгадке её происхождения.

В основе фамилии лежит не прилагательное «меньший», как можно было бы подумать, а прозвище Меньшик или Меньшек. В старину так называли младшего сына в семье, того, кто был «меньше» остальных по возрасту и положению. Однако в фамилии Меньшеков мы видим суффикс -ек-, который в русском языке часто чередуется с -к- в зависимости от падежа (меньшека — меньшика). Таким образом, исходная форма прозвища — Меньшек, а не Меньшик. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: сын Меньшека стал Меньшековым.

Версия, что фамилия произошла от слова «меньшак» (младший сын, а также крестьянин, сидевший на меньшей доле земли), менее вероятна. В этом случае мы бы имели фамилию Меньшаков, а не Меньшеков. Ударение в фамилии Меньшеков, как и в большинстве фамилий на -ов, падает на последний слог, что окончательно закрепляет её в ряду притяжательных прилагательных.

Географически фамилия Меньшеков встречается заметно реже, чем Меньшиков. Она характерна для северных и центральных областей России, где диалектное произношение могло сохранять звук «е» в суффиксе. В документах XVII–XVIII веков можно встретить обе формы написания одной и той же фамилии, что говорит о неустойчивости орфографии того времени.

Социальный состав носителей фамилии был пёстрым. Меньшековыми могли быть и крестьяне, и посадские люди, и мелкие служилые. В отличие от княжеского рода Меньшиковых, возвышенного сподвижником Петра I, фамилия Меньшеков оставалась в основном в среде простого народа. Никакой громкой аристократической истории за ней не числится, что, впрочем, не делает её менее ценной для потомков — она прямо указывает на место человека в семейной иерархии: он был младшим, «меньшеком», и его дети стали Меньшековыми.