Фамилия Меркуширн — редкая и необычная по своему звучанию. Её происхождение, скорее всего, связано с искажением или диалектным произношением более распространённой фамилии. В основе лежит каноническое имя Меркурий (от латинского Mercurius — имя бога торговли в римской мифологии). В русской традиции это имя давали в честь святого мученика Меркурия Кесарийского или Меркурия Смоленского.

Однако суффикс -ирн нехарактерен для русских фамилий. Обычно от имени Меркурий образуются фамилии через суффиксы принадлежности: Меркурьев, Меркушин, Меркулов. Вариант Меркуширн мог возникнуть в результате нескольких преобразований. Первое: от уменьшительной формы имени — Меркуша (как Ваня от Иван). Второе: добавление суффикса -ин дало бы Меркушин, но тут мы видим окончание -ирн. Скорее всего, здесь произошла замена конечного «ш» на «шн» в просторечии (как в слове «скушно» вместо «скучно»), а затем — метатеза (перестановка звуков) или описка при записи фамилии в документах. В результате «Меркушин» превратилось в «Меркуширн».

Есть и другая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия могла быть образована от прозвища, связанного с диалектным словом «меркуш» или «меркуша» — так в некоторых говорах называли человека суетливого, непоседливого (от имени бога Меркурия, который считался вестником и покровителем путешественников). Тогда суффикс -ирн мог быть остатком притяжательного прилагательного (например, «Меркуширнов» — чей? — Меркуширна), которое со временем сократилось.

Географически фамилия Меркуширн почти не встречается в современных базах данных. Она могла возникнуть в регионах, где были сильны местные говоры и где фамилии часто записывали на слух — например, на Русском Севере или в Поволжье. Сословно носители такой фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, так как фамилии от канонических имён в этой среде часто искажались при переписях. Таким образом, предки человека с фамилией Меркуширн, вероятно, носили имя Меркурий в одном из его народных вариантов, а сама фамилия — результат живого языкового процесса, где звуки менялись под влиянием речи и письменных ошибок.