Фамилия Мерлушкин образована от прозвища или нецерковного имени Мерлушка. В основе лежит слово «мерлушка» — так называли шкурку ягнёнка грубошёрстной породы, выделанный мех молодой овцы. Прозвище Мерлушка мог получить либо скорняк, выделывавший такие шкурки, либо торговец мехом, либо человек, носивший шапку или шубу из мерлушки. Не исключён и переносный смысл: в говорах «мерлушкой» могли назвать человека с курчавыми, как каракуль, волосами.

Словообразовательная модель проста и типична для русского севера и центра: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — Мерлушкин, то есть сын или потомок Мерлушки. Фамилии на -ин обычно возникали от основ на -а/-я, в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые крепились к основам на согласный. Мерлушкин — яркий пример «материнского» типа, когда прозвище имело форму женского рода, хотя носителем был мужчина.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий скорняжного ряда — Скорняков, Кожевников, Овчинников, — Мерлушкин привязана к конкретному сорту меха, а не к ремеслу в целом. Это делает её более узкой и редкой. Встречается она преимущественно в средней полосе России, особенно в старых переписях Рязанской, Тамбовской и Нижегородской губерний. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» Мерлушкин упомянут как пример фамилии, образованной от названия меха.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская: в дворянских родословных книгах она не фиксируется. Судя по реалиям, предок носителя был человеком, связанным с овцеводством или меховым промыслом, — не богатым купцом, а мастеровым или крестьянином, который знал толк в шкурках.