Фамилия Мешенина — женская форма, а её мужской вариант — Мешенин. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Мешеня. Слово «мешеня» в русских говорах имело несколько значений, и чтобы понять, от какого именно пошла фамилия, стоит разобраться в контексте.

Самый прямой путь — от слова «мешать»: мешеней могли называть человека, который постоянно вмешивается не в свои дела, путается под ногами или, наоборот, смешивает что-то (например, в ремесле — мешал растворы, тесто, краски). Но есть и другая версия, более редкая и интересная. В некоторых диалектах «мешеня» означало «мешок» или «нечто набитое, полное». Тогда прозвище могло достаться человеку плотного телосложения, упитанному, либо тому, кто носил с собой большую торбу.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Мешенин — сын Мешени. Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вятском крае и Пермской губернии — там слово «мешеня» в значении «мешок» фиксировалось этнографами. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно найти крестьян с прозвищем Мешеня, что подтверждает раннее бытование основы.

Альтернативная гипотеза — связь с «мешенина» как «мешанина, путаница» — маловероятна, так как ударение в фамилии падает на второй слог (Мешéнина), а не на первый. Таким образом, предок носителя фамилии был либо человеком с заметной внешностью (полный, грузный), либо имел привычку «мешать» в делах, либо занимался смешиванием чего-то в работе. В любом случае, прозвище было наглядным и запоминающимся.