Фамилия Мищенинова — женская форма от мужской Мищенинов. Разберём её по косточкам: в основе лежит прозвище или неканоническое имя Мищеня. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Мищенин, то есть сын или потомок Мищени. А конечное -ов в мужском варианте — типичный русский фамильный суффикс, который со временем прирос к основе, хотя изначально форма могла звучать как Мищенин.

Корень «Мищ-» — это народная, обиходная форма имени Михаил. В русских говорах имя Михаил давало множество уменьшительных вариантов: Миша, Мишаня, Мишук, Мишутка, а также Мищеня (откуда и Мищенинов). Суффикс -еня характерен для северных и сибирских говоров; он передаёт ласкательный или «малый» оттенок. Таким образом, Мищеня — это «маленький Михаил» или попросту Миша.

Фамилия Мищенинов (и Мищенинова) — довольно редкая. Она почти не встречается в центральных областях России, зато фиксируется в старых переписях Сибири и Урала. Например, в документах XVII–XVIII веков среди служилых людей и крестьян Тобольского и Иркутского уездов попадаются Мищенины. Это наводит на мысль, что предки носителей фамилии могли быть либо казаками-первопроходцами, либо крестьянами, переселившимися за Урал в ходе освоения Сибири. Социальный статус, скорее всего, был невысок: крестьяне или посадские.

Интересно, что в некоторых говорах слово «мищеня» могло означать не только человека по имени, но и прозвище по характеру — «недотёпа», «мякиш». Но эта версия менее вероятна: большинство фамилий на -ин/-ов образованы именно от личных имён, а не от нарицательных. В любом случае, Мищенинова — фамилия, которая прямо говорит: «Я из рода маленького Миши».