Фамилия Мищенкоен — редкий случай, когда можно почти наверняка сказать, откуда она родом, просто взглянув на окончание. Суффикс -ен в фамилиях — это характерная примета восточной Украины, в первую очередь Слобожанщины (Харьковская, Сумская области) и прилегающих районов России (Белгородчина, Воронежье). В украинской ономастике этот суффикс часто выполнял ту же роль, что и русское -ов: указывал на принадлежность («чей?»). То есть Мищенкоен означает «сын Мищенка» или «человек из рода Мищенко».

Основа фамилии — украинская фамилия Мищенко, которая, в свою очередь, образована от имени Мишка. Это не медведь, а уменьшительная форма крестильного имени Михаил (в просторечии — Михей, Миша, Мишка). Суффикс -енк(о) в украинском языке — классический патронимический (указывающий на отца), он буквально значит «маленький» или «сын». Таким образом, Мищенко — это «Мишин сын», а Мищенкоен — «внук Миши».

География фамилии крайне узкая. По данным переписей и телефонных справочников, подавляющее большинство носителей Мищенкоен живёт в Харьковской области Украины и в приграничных районах России. Это не случайность: именно в этих местах в XVIII–XIX веках активно формировались «тройные» фамилии путём нанизывания суффиксов. Сначала появился род Мищенко, а когда нужно было отличить одну ветвь от другой, к уже готовой фамилии добавили ещё один суффикс принадлежности — -ен, получив Мищенкоен.

Социальный статус предков, скорее всего, был крестьянским или казачьим. Фамилии с двойным патронимическим суффиксом часто возникали в среде, где не было жёсткой фиксации родового имени, и человека называли по деду или отцу в быту. Никакого дворянского или купеческого происхождения за этой фамилией не прослеживается — это «народная» ономастика, где фамилия росла естественно, как ответвление на дереве рода.

Если встретили фамилию Мищенкоен, почти наверняка её носитель — потомок выходцев из слобожанских сёл, где в ходу были такие «длинные» формы. Это не ошибка писаря и не искажение — это живой след диалекта, сохранившийся в фамилии.