Фамилия Мизерникова — женская форма от Мизерников, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Модель на -ов/-ев здесь стандартная для русских фамилий, но редкость самой основы заставляет присмотреться к ней внимательнее. В основе лежит слово «мизерник» — так в некоторых говорах называли скупого, прижимистого человека (от «мизерный» — малый, ничтожный, скудный). Прозвище Мизерник могли дать крестьянину или мещанину, который отличался чрезмерной бережливостью или, напротив, жил в крайней бедности. Второе значение — «мизерник» как мелкий торговец, торгующий по мелочам, почти даром; такая версия тоже правдоподобна, потому что прозвища часто возникали от рода занятий.

Слово «мизерный» пришло в русский язык через польское mizerny (жалкий, убогий), а то — из латинского miser (несчастный, бедный). В XVIII–XIX веках это прилагательное активно использовалось в просторечии, и фамилии на его основе встречаются нечасто, но стабильно: Мизерников, Мизерный, Мизерин. Мизерникова — патроним по отцу: дочь или жена Мизерника.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям. В дореволюционных переписях Мизерниковы фиксировались в Курской, Воронежской, Тамбовской губерниях — регионах, где диалектная лексика сохраняла польские и малороссийские заимствования. Встречается и вариант с ударением на второй слог — Мизернико́ва, что указывает на севернорусское или сибирское происхождение (там фамилии на -ов нередко удерживают ударение на суффиксе).

Сведений о дворянском происхождении Мизерниковых нет — фамилия однозначно крестьянская или мещанская. Прозвище не несло комплиментарного смысла, но в среде, где скупость или бедность были повседневностью, оно могло закрепиться как нейтральная характеристика. Сегодня фамилия редкая, и её носители — почти наверняка потомки тех самых «мизерников» из чернозёмных губерний.