Фамилия Мухарникова образована от прозвища отца — Мухарник. В её основе лежит диалектное слово «мухарь» или «мухарник». В разных говорах у него несколько значений, и чтобы понять, кем был предок, нужно разобраться в контексте.

Самое вероятное объяснение — профессиональное. В южнорусских и украинских говорах «мухарником» называли того, кто делал мухогонки — приспособления для обмахивания, а также самого изготовителя или продавца мух (так в старину называли опахала). Ремесло было не самым престижным, но востребованным в жаркое время года. Менее распространённая версия связывает прозвище с птицей мухоловкой — «мухарником» в некоторых областях называли охотника на мух, либо человека, который разводил или ловил певчих птиц.

Третья, более редкая гипотеза — бытовая. «Мухарником» могли прозвать неряшливого человека, к которому «липнут мухи», либо, наоборот, придирчивого и въедливого, «дотошного, как муха».

Суффикс -ов- в окончании фамилии указывает на принадлежность: Мухарников — сын Мухарника. Форма Мухарникова — женский вариант, но в современном употреблении она закрепилась и за мужчинами как неизменяемая (хотя по правилам склоняется). Фамилия редкая, сконцентрирована преимущественно в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение: именно в этих регионах слово «мухарник» фиксировалось в значении «опахало».