Фамилия Мурцаев — это отчество от прозвища или нецерковного имени Мурцай. В русской модели фамилий суффикс -ев указывает на происхождение от основы, оканчивающейся на мягкий согласный или на -й: Мурцай → Мурцаев, то есть «сын Мурцая». Сама основа Мурцай — тюркского происхождения, что логично для степных и южнорусских регионов, где контакт славянского и тюркского населения был плотным.

Корень «мур-» в тюркских языках многозначен. Чаще всего его связывают с арабским словом «мурза» (мирза), которое через тюркское посредничество вошло в русский язык как обозначение княжеского или знатного титула. Однако в прозвище Мурцай, скорее всего, не прямой титул, а уменьшительно-ласкательная или пренебрежительная форма: «мурза» + суффикс -ай (как в именах Каратай, Алтай). В таком случае Мурцаем могли называть человека, который вёл себя по-барски, важничал, либо, наоборот, младшего или незнатного представителя знатного рода.

Есть и другая версия: от тюркского корня «мур-» со значением «гнуть, сгибать, скручивать». Тогда Мурцай — прозвище кривоватого, сутулого человека или того, кто занимался плетением, вязанием. Эта гипотеза менее популярна, но не лишена оснований: в диалектах Поволжья и Урала фиксируются слова «мурзатый» (неопрятный, хмурый) и «мурзаться» (пачкаться), что тоже могло дать прозвище.

Географически фамилия Мурцаев встречается преимущественно в регионах с сильным тюркским и кавказским влиянием — в Дагестане, Чечне, Ингушетии, а также в Оренбургской и Астраханской областях. У многих народов Северного Кавказа фамилии на -ев (через русское оформление) — обычное дело, и Мурцаев может быть русифицированной формой вайнахской или кумыкской фамилии. В этом случае исходное имя Мурца могло быть вариантом имени Муртаза (от арабского «избранный»), что распространено у мусульман.

Сословно фамилия Мурцаев не закреплена за дворянством. В дореволюционных списках она встречается у казаков, крестьян и мещан южных губерний. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не известно, но её носители — обычные люди, чьи предки получили прозвище за характер, внешность или происхождение.