Фамилия Мушкарня — редкая, её не встретишь в списках распространённых русских фамилий. Чтобы понять её происхождение, нужно отбросить привычные суффиксы -ов, -ин, -ский и посмотреть на окончание -ня. Это характерный признак фамилий, образованных от прозвищ или топонимов на юго-западе — в украинских, белорусских и польских землях. В русской традиции такие формы без суффикса притяжательности (как Мушкарня вместо Мушкарнин) почти не встречаются, поэтому корни фамилии, скорее всего, лежат за пределами Великороссии.

Основа фамилии — «мушкар» или «мушкарь». Тут возможны два пути. Первый: от диалектного «мушкарь» — так в некоторых говорах называли мускатный орех или пряность. Прозвище Мушкарь могли дать торговцу пряностями, аптекарю или человеку, который любил сдобрить еду душистыми приправами. Второй вариант, более прозаичный: основа связана со словом «мушка» — уменьшительное от «муха». В южнорусских и украинских говорах «мушкарня» могло означать «множество мух», «гнус» или, в переносном смысле, суетливого, назойливого человека. Тогда фамилия — прозвище по поведению.

Суффикс -ня в фамилиях встречается редко. В польской и украинской ономастике он иногда передаёт собирательность или принадлежность к месту: например, фамилия Мушкарня могла возникнуть от названия хутора или урочища Мушкарня (по имени первого поселенца Мушкаря). В этом случае фамилия — не прозвище, а указание на выходца из конкретного села.

Поскольку фамилия не прошла через стандартную модель на -ов/-ин, её носители вряд ли были крепостными центральной России. Скорее, это потомки казаков, мещан или однодворцев из западных губерний. Встретить Мушкарню сегодня можно прежде всего на Украине, в Беларуси или в среде потомков переселенцев из этих регионов. Точных данных о сословной принадлежности нет, но сама структура фамилии выдаёт её народное, неискусственное происхождение.