Фамилия Мутована — редкий случай, где географический отпечаток виден почти сразу, стоит лишь присмотреться к окончанию. В русской фамильной системе суффикс -ов, -ев или -ин встречается чаще всего, а вот финаль -ана выбивается из ряда. Это почти наверняка указывает на украинское или белорусское происхождение, где женские фамилии на -а не редкость. Однако сама фамилия Мутована — не женская форма от мужской «Мутован» (такое тоже бывает, когда в документах закрепился материнский вариант), а скорее всего, исходная мужская фамилия, образованная по архаичной модели.

Основа здесь — прозвище «Мутован» или «Мутованый». Корень «мут-» родствен глаголу «мутить» и прилагательному «мутный». В южнорусских и украинских говорах «мутованый» могло означать «запутанный», «неясный», «смутный» — по характеру человека, либо «взбаламученный» — по внешнему виду. Менее вероятная, но возможная версия: связь с диалектным «мут» (вид рыбы, например, муть или мутик) — тогда прозвище дали рыбаку или человеку с соответствующей внешностью.

Модель образования проста: к основе «мутован-» добавили окончание -а, что типично для украинских фамилий на -а (сравните: Бондаренко — Бондаренка, но есть и форма Бондара). В русском языке такие фамилии склоняются по падежам, и в бытовой речи их часто путают с женскими, хотя на самом деле это мужская фамилия, закрепившаяся в форме именительного падежа единственного числа женского рода.

Сословная принадлежность предков, вероятно, крестьянская: прозвища с корнем «мут-» редко встречались в дворянской среде. Основной ареал фамилии — Украина и южные области России, откуда она могла мигрировать вместе с переселенцами. В переписях и метрических книгах XIX века фамилия почти не фиксируется, что подтверждает её локальный и нечастый характер.