Фамилия Мутовский образована по самой распространённой в восточнославянском ономастиконе модели — от географического названия с помощью суффикса -ский. Этот суффикс в фамилиях дворянского и духовного происхождения указывал на принадлежность к местности: владелец или выходец из села, деревни или усадьбы с названием Мутово, Мутовка или Мутов.

Корень «мут-» в топонимах обычно связывают с мутной, непрозрачной водой. В русских говорах «муть» — это взвесь в воде, ил, а «мутовка» — палка с лопастями для размешивания (от глагола «мутить»). Поэтому название Мутово могло получить село у мутного ручья или омута. Встречается и другая версия: в некоторых диалектах «мутовка» означала также «мешалка», и прозвище Мутовка давали человеку суетливому, взбалмошному или тому, кто постоянно «мутит воду» в переносном смысле. Однако для фамилии на -ский прозвищная основа менее характерна — такие фамилии чаще закреплялись за помещиками, владевшими землёй, или за священниками, получавшими фамилию по названию прихода.

Если обратиться к реальной географии, топонимы Мутово встречаются в Псковской и Смоленской областях, а также в Белоруссии. В XIX веке фамилия Мутовский фиксируется среди мелкопоместного дворянства и духовенства западных губерний Российской империи. Так, в Витебской губернии проживали Мутовские, владевшие небольшими имениями. В духовном сословии фамилию могли дать выпускнику семинарии по названию села, откуда он был родом.

Словообразовательно фамилия прозрачна: основа «Мутов» (от названия населённого пункта) плюс типичный дворянский суффикс -ск- и окончание -ий. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Мутовский, хотя в разговорной речи возможны варианты. В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые часто происходят от профессий или имён, Мутовский почти наверняка указывает на конкретное место, а не на личное качество предка.