Фамилия Мутукин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или имени с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Мутукин — «сын Мутуки» или «человек из рода Мутуки». Основа фамилии — прозвище Мутука, которое, скорее всего, происходит от глагола «мутузить» — бить, колотить, тузить. В русских говорах слово «мутуз» означало «забияка», «драчун», «задира». Таким образом, первый носитель фамилии мог получить прозвище за буйный нрав или склонность к потасовкам.

Встречается и другая, менее очевидная версия. В некоторых диалектах «мутуз» или «мутук» называли завязку, ремешок или верёвку, которой стягивали мешок. Тогда прозвище Мутука мог получить человек, который занимался изготовлением таких верёвок или просто имел привычку что-то постоянно завязывать. Однако эта гипотеза уступает первой по распространённости: прозвища по чертам характера встречаются в русских фамилиях гораздо чаще, чем прозвища по предметам быта.

Фамилия редкая. Она не фиксируется в крупных справочниках Б. Унбегауна или В. Никонова в качестве широко распространённой. По данным современных телефонных справочников и баз адресов, основная масса носителей фамилии Мутукин сосредоточена в Поволжье, в частности в Ульяновской области и Республике Мордовия. Это указывает на то, что фамилия могла сформироваться именно в этом регионе, возможно, среди крестьянского населения, где прозвища, основанные на поведении, были особенно живучи.

Интересная деталь: фамилия сохранила древнюю форму притяжательного прилагательного с суффиксом -ин, которая в русском языке закрепилась за словами мужского рода, оканчивающимися на -а или -я. Если бы прозвище звучало как Мутук (без окончания -а), фамилия имела бы форму Мутуков. Форма Мутукин — более архаичная и личная, она буквально означает «чей? — Мутукин», то есть принадлежащий конкретному человеку по прозвищу Мутука.