Фамилия Мутуков — редкий случай, когда географическая привязка и языковой корень почти не оставляют сомнений. Она происходит из тюркской языковой среды, скорее всего, татарской или башкирской. Основа — личное мужское имя Мутук, которое в этих языках означает «кулак». Прозвище или имя по физической черте — распространенный тюркский прием: человека с сильными руками, драчуна или просто коренастого, плотного мужчину могли назвать Мутук. Фамилию образовали по русской модели с патронимическим суффиксом -ов: Мутуков — сын Мутука.

Словообразовательная модель здесь простая, но показательная. Суффикс -ов указывает, что фамилия складывалась уже после вхождения тюркских народов в состав Российского государства, когда русские писцы и священники адаптировали местные имена под привычную форму. В отличие, скажем, от фамилий на -ин, которые чаще образовывали от основ на -а/-я, здесь сработал стандарт для мужских имен на согласный.

Встречаются единичные упоминания фамилии в Оренбуржье и Башкортостане — это регионы, где исторически жили татары и башкиры, а фамилии на -ов были нормой для крещеных и служилых тюрков. Есть также гипотеза, что Мутук могло быть не личным именем, а прозвищем от слова «мутузить» — бить, колотить. Но это народная этимология: глагол «мутузить» сам, скорее всего, заимствован из тюркских языков, так что корень все равно тюркский, а не славянский.

Сословие носителей определить сложно — фамилия недворянская, не встречается в родословных книгах. Скорее всего, предки были крестьянами или казаками, потому что в казачьей среде прозвища по физическим качествам давали охотно. Известных исторических личностей с фамилией Мутуков нет, что для редкой фамилии нормально: ее ценность не в громких именах, а в четком указании на тюркские корни и конкретную модель адаптации в русском ономастиконе.