Фамилия Наголкин — одна из тех, где корень на виду, а значение ускользает при поверхностном взгляде. В её основе лежит прозвище Наголка, которое образовано от слова «голка» — так в южнорусских и украинских говорах называли иглу, иголку. Приставка «на-» в прозвище могла указывать на действие: «наголка» — это не просто игла, а, скорее, то, что на неё нанизывают, или человек, который «накалывает», например, швея или портной. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, занимался шитьём или ремеслом, связанным с иглой, — портняжным, скорняжным или даже производством игл.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Наголкин — «сын Наголки», «родом из семьи Наголки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я. Если бы основа была мужского рода (Наголок), мы бы увидели суффикс «-ов». Здесь же форма женского рода прозвища — Наголка — указывает на то, что прозвище могло быть дано по материнской линии (в случае, если мать была известной мастерицей) или просто закрепилось как ласкательное, уменьшительное.

Географически фамилия Наголкин тяготеет к югу России, особенно к Курской, Белгородской, Воронежской областям, а также к Украине. В этих регионах слово «голка» в значении «игла» было в ходу, и прозвище Наголка встречалось чаще, чем в северных говорах, где преобладала «игла». Встречается фамилия и в казачьих областях Дона, что подтверждает её связь с ремесленной средой, а не с дворянской.

Есть и другая, менее вероятная версия: прозвище могли дать человеку с острым, колким характером — «колючему», как игла. Но в таком случае логичнее было бы ожидать фамилию Иголкин или Колючкин. Версия с ремеслом выглядит убедительнее, потому что в основе лежит конкретное действие (шить, накалывать), а не абстрактная черта. Фамилия не редкая, но и не массовая — её носители, как правило, потомки ремесленников или крестьян, занимавшихся шитьём в XIX веке.