Фамилия Нагорненко ведет свое начало от прозвища Нагорный, которое образовано от нарицательного «гора» с помощью приставки «на». Поэтому можно предположить, что основатель рода Нагорненко жил на холме, горе. К подобным именованиям, которые помогали быстро найти нужного человека в те времена, когда не существовало точных адресов, может относиться и прозвище Нагорный. Так и прозвище Нагорный закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Нагорненко. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Нагорный, со временем получил фамилию Нагорненко.