Фамилия Нечухаев — редкий пример, где основа прозвища так и просится на разбор, но при этом не лежит на поверхности. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Нечухаев — сын Нечухая. А вот с самим прозвищем Нечухай всё интереснее.

Первое, что приходит в голову, — глагол «чухать» в значении «чесать» или «понимать, смекать» (отсюда «чухна», «чухаться» — медлить). Тогда Нечухай — это человек, который не чешется (в прямом смысле — флегматичный, медлительный) или, в переносном, — «не понимающий», недотёпа. В русских говорах «чухать» означало также «чуять, слышать», так что Нечухай мог быть тем, кто «не чует», невнимательный. Оба варианта укладываются в типичную модель прозвищ по характеру или поведению.

Однако есть и другая версия, более редкая, но правдоподобная для южнорусских и украинских территорий. Там «чухать» — это «чистить, скрести» (например, чухать лошадь). Нечухай — тот, кто не следит за чистотой, неряха. Прозвища такого рода (Нечеса, Неумывайко) хорошо известны в ономастике. Сравните с фамилиями Нечухраев, Нечупаев — они построены по той же модели и несут похожую смысловую нагрузку.

Версия с украинским корнем «чухати» (чесать, скрести) кажется наиболее обоснованной, если учесть, что фамилии с суффиксом -ев и основой на -ай часты в южнорусском регионе и на Слобожанщине. Вероятнее всего, родоначальник Нечухаевых получил прозвище за неопрятность или медлительность — то есть за качество, которое в крестьянском быту заметно сразу. Никаких документальных упоминаний о дворянском происхождении этой фамилии нет — она из числа «простых», крестьянских или казачьих прозвищ, позже закреплённых как фамилия.