Фамилия Недобора — редкий пример, где основа прозвища буквально «выдаёт» профессию или социальный статус предка. В отличие от многих фамилий, образованных от имён или черт характера, Недобора напрямую связана с делопроизводством и учётом. Скорее всего, прозвище Недобора получил человек, отвечавший за сбор податей, налогов или рекрутов. «Недобор» в такой системе — это нехватка, недостача, то, что не удалось собрать с населения. Прозвище закреплялось либо за тем, кто постоянно недобирал положенное (иронично-укоризненное), либо за тем, кто сам был в недоимке. В любом случае, корень уходит в сферу государственных повинностей, особенно актуальную в XVII–XIX веках.

Словообразовательная модель проста: в основе лежит существительное «недобор» с типичным для русских фамилий суффиксом -а. Окончание -а в фамилии Недобора — это не женский род, а форма родительного падежа единственного числа, застывшая в фамилии. Такая модель (Сорока, Голова, Недобора) встречается реже, чем на -ов/-ин, и часто указывает на то, что прозвище было настолько ярким, что его не стали переделывать в притяжательную форму. Фамилия могла возникнуть в среде, где ценилась краткость и прямая характеристика человека.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где форма родительного падежа в фамилиях встречается чаще. Встречаются варианты написания с одной «б» — Недобора, что не меняет смысла. Родственные фамилии — Недобор, Недоборов, Добор, Перебор — все они из той же «учётной» сферы. Социальный контекст фамилии однозначно низовой: прозвище давали крестьянам, посадским людям, мелким чиновникам. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её простонародное происхождение.

В современной России фамилия крайне редкая. Её носители, скорее всего, потомки тех, кто когда-то имел дело с нехваткой — либо как сборщик, либо как недоимщик.