Фамилия Недоборенко звучит необычно и сразу обращает на себя внимание своей «отрицательной» приставкой. В отличие от большинства русских и украинских фамилий, образованных от положительных качеств или нейтральных ремёсел, эта фамилия построена на слове «недобор» — то есть нехватка, недостача, неполный сбор чего-либо (например, урожая, денег, рекрутов). Скорее всего, в основе лежит прозвище Недобор, которое давали человеку, имевшему отношение к неполному, урезанному результату: либо крестьянину, у которого вечно не родился хлеб, либо сборщику податей, не сумевшему выполнить план, либо военному, недобравшему солдат. В любом случае, прозвище было не лестным, а ироничным или укоризненным.

Модель образования фамилии — типично украинская: суффикс -енко, который в XVI–XVII веках был основным способом создания фамилий на территории современной Украины и юга России. Первоначально он означал «сын» или «потомок» (Недоборенко — «сын Недобора»). Фамилия закрепилась в среде казачества и крестьянства, где такие «говорящие» прозвища были обычным делом. В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые чаще встречались в центральной и северной России, Недоборенко — однозначно южная, украинская или южнорусская фамилия.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и в более узком, историческом контексте. В Российской империи существовала «рекрутская повинность», и «недобор» означал невыполнение плана по поставке новобранцев. Прозвище Недобор мог получить либо сам рекрут, оказавшийся слабым или негодным к службе (то есть «недобранный» по здоровью), либо чиновник, проваливший набор. Вторая версия кажется правдоподобнее, так как прозвища редко давали за физические недостатки в такой форме, а скорее за профессиональную оплошность.

Фамилия редкая и не имеет громких исторических носителей в общероссийских энциклопедиях. Встречается она преимущественно на территории Украины, а также в южных областях России (Краснодарский край, Ростовская область) и в среде украинской диаспоры. В отличие от фамилий вроде Недоборов (с русским суффиксом), форма Недоборенко сохранила украинский колорит и прямо указывает на происхождение предка из малороссийских земель.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Недобора, Недобор, Недоборов), то Недоборенко — самая «молодая» по форме, но древняя по духу: она не переосмыслялась и не облагораживалась, а так и осталась бытовым, чуть насмешливым прозвищем, которое, как это часто бывает, прижилось и стало родовым именем.