Фамилия Недодин — одна из тех, чья основа лежит на поверхности, но за простотой скрывается неочевидный смысл. Вопреки первому впечатлению, она не имеет отношения к слову «недоданный» или «недостача». Её ядро — древнерусское нецерковное имя Недодя, которое фиксировали ещё в XV–XVII веках. Имя это, в свою очередь, образовано от глагола «додить» — в старых говорах так говорили о том, кто додил, то есть докучал, надоедал, приставал с просьбами. Приставка «не-» работала как типичный для древнерусской антропонимии отрицательный оборот: Не-додя — «не надоедающий», «недокучливый». Имя-оберег, каким родители желали ребёнку не быть назойливым и не досаждать окружающим.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Недодин — буквально «сын Недоди» или «человек из рода Недоди». Такая модель типична для прозвищных и именных фамилий центра и севера России. Важно не путать фамилию с патронимом от канонического имени — здесь перед нами чисто бытовое, мирское прозвище, каких много среди русских фамилий на -ин (Кузьмин, Фомин, но также и Негодяев, Некрасов).

Встречается фамилия преимущественно в северных и центральных областях — в Архангельской, Вологодской, Кировской и Нижегородской губерниях. В переписных книгах XVII века можно найти крестьян и посадских людей с этим именем. Позже, когда имя Недодя вышло из обихода, фамилия стала восприниматься как тёмная, но её исходный смысл — вовсе не обидный, а охранительный, как у фамилий Некрасов, Нелюбов или Немиров. Носитель фамилии Недодин — потомок человека, которого в детстве нарекли «недокучливым», то есть желали ему лёгкого и необременительного нрава.