Фамилия Нехайкова — женская форма фамилии Нехайков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Нехайко. В основе лежит древнерусское глагольное имя с отрицательной частицей «не» и повелительным наклонением от глагола «хаять» — то есть хулить, бранить, осуждать. Таким образом, Нехайко — это «не хули», «не бранись». Подобные «обережные» имена были распространены в дохристианской и раннехристианской Руси: считалось, что имя-запрет или имя-пожелание (Нечай, Некрас, Нелюб) отпугивает злых духов и притягивает противоположное качество. Человек по прозвищу Нехайко мог получить его за спокойный, незлобивый нрав — или, наоборот, как ироничное прозвище для сварливого человека.

Суффикс -к- в основе (Нехайко) типичен для украинской, белорусской и южнорусской антропонимии: он образует уменьшительно-ласкательные или обиходные формы имён и прозвищ. Фамилии на -ков/-кова (Нехайков, Нехайкова) — это притяжательные прилагательные, отвечающие на вопрос «чей?»: сын Нехайка, дочь Нехайка. Такая модель — одна из самых распространённых в России, но в данном случае она наслоилась на южнославянскую или украинскую основу, что указывает на возможное происхождение рода из западнорусских или малороссийских земель.

Фамилия редкая. Встречается преимущественно в южных и центральных регионах России, а также на Украине. В дореволюционных источниках носители фамилии фиксировались в основном среди крестьян и мещан — это говорит о том, что фамилия не была дворянской и не попала в родословные книги высшего сословия. В словаре Б. О. Унбегауна «Русские фамилии» модель с глагольной основой и частицей «не» разбирается на примере Нехаев, Нехай, Нехайко — как характерный пример древнерусских «обережных» имён.

Отдельно стоит отметить, что фамилия Нехайкова не имеет никакого отношения к слову «нехай» в значении «пусть» (украинское «нехай»). Хотя внешнее сходство есть, корень здесь — именно «хаять», а не указательная частица. Это распространённая ошибка при бытовом толковании фамилии.