Фамилия Нехорошая звучит как прилагательное в женском роде, и это её главная особенность. В русской ономастике фамилии на -а/-я, совпадающие по форме с прилагательными, чаще всего имеют один корень: они образованы от прозвища или «уличного» имени. В данном случае основа — «нехорош-», то есть «нехороший», «плохой», «негодный».

Прозвище Нехороший давали человеку с дурным нравом, склонному к ссорам или недобрым поступкам. Но не стоит думать, что это всегда была прямая характеристика. В деревнях такие прозвища часто закреплялись иронически: например, за мрачным молчуном или за тем, кто однажды совершил оплошность. Иногда «нехорошим» называли ребёнка, родившегося в несчастливый день или с физическим недостатком — это был оберег от сглаза, когда плохое имя якобы отпугивало злых духов.

Модель образования простая: от прозвища Нехороший через суффикс притяжательного прилагательного, который в женском роде дал окончание -ая. Фамилия закрепилась в форме, характерной для южнорусских и украинских говоров, где такие «прилагательные» фамилии (Белая, Чёрная, Весёлая) нередко передавались по женской линии как устоявшееся родовое имя. Однако у фамилии Нехорошая есть и мужской вариант — Нехороший, который встречается гораздо чаще. Женская форма могла сохраниться в семьях, где главу дома называли по прозвищу в женском роде (например, если прозвище дали вдове или хозяйке).

По географии фамилия Нехорошая редкая. Основные очаги — западные области России (Смоленская, Брянская) и восток Беларуси. Встречается также в украинских сёлах, где прозвище «Нехороший» могло перейти в фамилию напрямую, без суффиксального оформления. В документах XVII–XVIII веков, по данным исследователей русских фамилий, прозвище Нехороший фиксируется среди крестьян и посадских людей, но в дворянские роды оно не попало — слишком явно указывало на низкое происхождение или неодобрение.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду с однокоренными Нехорошев, Нехорошко, Нехороший. Форма на -ая — самая прямая и архаичная, она сохранила первоначальный вид прозвища без изменений. В современных справочниках фамилию Нехорошая иногда ошибочно записывают как Нехорошева, путая с отчеством от имени Нехорош (редкого канонического имени, которое тоже существовало, но было не в ходу). Однако прозвищное происхождение здесь первично: в основе лежит не имя, а прямая оценка человека.