Основой фамилии Нелинов послужило мирское имя Нелин. Фамилия Нелинов происходит от так называемого «охранительного» имени Нелин. Оно образовалось от глагола «линять» с отрицательной частицей «не». В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Нелином. Менее вероятной представляется связь фамилии с женским именем Нелли, которое имеет древнерусское происхождение и означает «нежная, но настойчивая». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Нелин, со временем получил фамилию Нелинов.