Фамилия Немирко ведет начало от прозвища Немир, которое образовано от древнерусского слова со значением «ссора, разлад, вражда, военное время». Скорее всего, такое прозвище относилось к так называемым «охранительным» именам: родители нарекали ребенка Немиром, чтобы отвести от него настоящие ссоры и беды, — считалось, что имя-оберег защитит владельца от того, что оно означает.

Суффикс -ко в фамилии Немирко указывает на украинское или белорусское влияние. В этих землях уменьшительно-ласкательные формы с -ко (Немирко, Федько, Ивашко) активно использовались как самостоятельные имена и прозвища, а затем закрепились в фамилиях. Наличие суффикса -ко — один из маркеров, позволяющих отнести фамилию к западнорусской традиции словообразования, хотя сама основа Немир встречается и в северорусских землях.

Позже прозвище Немир, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Так потомки человека по прозвищу Немир стали писаться Немирко.

Интересно, что у фамилии есть и «военная» версия происхождения: в древнерусском языке слово «немир» могло означать состояние вражды между княжествами или народами. Однако вряд ли прозвище давали человеку за воинственность — скорее, наоборот, как пожелание мирной жизни. Однокоренные фамилии Немиров, Немирович, Немирский встречаются в разных регионах, но именно форма Немирко сохраняет след украинской или белорусской среды, где такие прозвища были особенно распространены в XV–XVII веках.