Фамилия Никишонкова — женская форма фамилии Никишонков. В основе лежит имя Никишонка — так в старину в просторечии звали Никиту. Само имя Никита греческого происхождения (от «никетес» — победитель), а уменьшительная форма с суффиксом -ш- (Никита → Никиш) и дополнительным -онк- (Никишонка) характерна для северных и центральных говоров России. Суффикс -онк- в русских фамилиях встречается реже, чем -ов/-ев или -ин, и указывает на уменьшительно-ласкательное или пренебрежительное значение: Никишонка — «маленький Никита» или «сын Никиты».

Фамилия Никишонков (и Никишонкова) — типично русская, образованная по патронимической модели: от прозвища отца. Суффикс -ов/-ев присоединялся к основам на согласный, так что Никишонков означает «сын Никишонки». Такие фамилии закрепились в основном у крестьян и мещан, реже — у духовенства. Сословной элитой они не были: без фамилий на -ский, которые часто носили дворяне и священники.

Этимолог Борис Унбегаун в «Русских фамилиях» относит подобные образования к типично народным, возникшим не от крестильного имени напрямую, а от его бытовых вариантов. Никишонков — не единственная фамилия от Никиты: есть Никишин, Никишов, Никиткин, Никитушкин. Но суффикс -онк- выдает именно северное или западнорусское происхождение: в новгородских, псковских, тверских землях такие формы были особенно распространены.

Географически фамилия Никишонкова встречается преимущественно в Центральной России и Поволжье. В дореволюционных переписях носители фамилии фиксировались в Рязанской, Тамбовской и Вологодской губерниях. Сейчас она редкая: по открытым данным, в России живут не более нескольких сотен человек с такой фамилией.

Если ваша фамилия Никишонкова, то предки, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками из северных или центральных областей, а прозвище родоначальника звучало как Никишонка — ласковое или обиходное имя от Никиты. Никакой тайны или аристократического корня здесь нет, но зато есть прямая связь с живым русским языком, где уменьшительные формы несли тепло и обыденность.