Фамилия Никофоров — один из тех случаев, когда неверное ухо или канцелярская ошибка прочно закрепились в документе. Правильная, «книжная» форма — Никифоров, от канонического крестильного имени Никифор (греч. «несущий победу»). А вот вариант через «о» — Никофоров — это народное, «акающее» произношение, записанное так, как слышалось: в разговорной речи имя Никифор звучало как Никофор. В результате суффикс -ов прирос к основе, где первая гласная уже была заменена.

Исходное имя Никифор в святцах было распространено, но в крестьянской и мещанской среде его часто произносили на свой лад. Поэтому Никофоровы — это потомки человека, которого в быту звали Никофором, а не Никифором. Фамилия указывает не на географию, а на социальную среду: чем ниже был слой населения и чем дальше от грамотных приказчиков, тем вероятнее было такое написание. В некоторых регионах (например, на Русском Севере и в Поволжье) «аканье» было особенно сильным, и фамилия Никофоров встречается там чаще, чем где-либо ещё.

Словообразовательная модель проста: основа Никофор + патронимический суффикс -ов (чей? — сын Никофора). В отличие от фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я, здесь стандартный суффикс для мужских имён на твёрдый согласный. Редкость фамилии не в самой модели, а в том, что она зафиксировала просторечный, а не церковнославянский вариант имени. Поэтому Никофоров — это не «искажённая» фамилия, а живая запись устной традиции, которая сохранила для нас звучание имени в конкретной семье.