Фамилию Никулаишин стоит разбирать не с корня, а с суффикса. Окончание -ин указывает на притяжательную модель: «чей?» — Никулаишин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Никулаиша. Суффикс -иш- в русской ономастике редок и несёт особую окраску. Если обычный -ин образует фамилии от имён на -а/-я (Никита — Никитин), то -иш(а) — это скорее уменьшительно-уничижительная или, наоборот, фамильярная форма. В крестьянской среде такие прозвища давали младшим членам семьи или подчинённым: Никулаиша — это не официальное имя, а домашнее, «кухонное» обращение к тому, кого звали Никулай.

Основа фамилии — каноническое имя Николай. В простонародном произношении оно часто редуцировалось: Никула, Никулай, Никулка. Форма Никулаиша — двойная уменьшительная: сначала отсекли первый слог (Николай → Никула), потом добавили суффикс -иш(а) с пренебрежительным или шутливым оттенком. Похожие модели — Иваниша (от Иван), Петриша (от Пётр), но они встречаются реже, чем стандартные -ов/-ев. Это говорит о том, что фамилия Никулаишин, скорее всего, формировалась не в центральных московских землях, а в северных или поволжских говорах, где сохранялась архаичная манера образовывать прозвища.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где было сильно влияние новгородской или вятской диалектной традиции. В переписных книгах XVII-XVIII веков подобные формы (Никулаиша, Микулаиша) фиксировались как личные прозвища среди черносошных крестьян и посадских людей. Дворянских родов с такой фамилией нет — суффикс -иш- слишком «простонароден» для аристократического именования. Предок носителя этой фамилии, по всей видимости, был рядовым крестьянином или ремесленником, которого в быту звали Никулаиша, а его дети уже записались как Никулаишины.

Важно не путать эту фамилию с более распространённой Никулишин. Вторая образована от имени Никула (без суффикса -иш-) плюс -ин, и встречается чаще. Никулаишин — более редкий вариант, сохранивший именно ту самую «уничижительную» форму, которая в XIX веке почти вышла из обихода при записи фамилий. Если встретите такую фамилию в современных списках — скорее всего, её носители происходят из одного небольшого куста деревень, где прозвище закрепилось как родовое имя.