Фамилия Оникин образована от имени или прозвища, а разобраться в её происхождении помогает суффикс -ин. В русской ономастике этот суффикс указывает на принадлежность: Оникин буквально значит «сын Оники» или «человек из рода Оники». В основе лежит личное имя Оника — одна из народных, разговорных форм канонического имени Иоанникий (в просторечии Анникий, Аника). Имя это греческого происхождения, означает «победоносный» или «непобедимый». На русской почве оно дало целый ряд фамилий: Аникин, Аничкин, Анисимов — и Оникин стоит в том же ряду, но с ударением и огласовкой, характерными для северных и центральных говоров.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с прозвищем Оника. В некоторых диалектах «оника» могло означать упрямого, неуступчивого человека или, наоборот, простака (сравните со сказочным героем Аникой-воином). Однако для фамилии Оникин, в отличие от Аникин, такая трактовка менее типична: форма на О- чаще указывает на исходное имя, а не на прозвище.

Географически фамилия Оникин встречается реже, чем Аникин, и тяготеет к Поволжью и северо-востоку России. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей с этой фамилией, но массового распространения она не получила. Суффикс -ин, а не -ов, подсказывает, что предок носителя фамилии был либо человеком невысокого сословия (крестьянином, ремесленником), либо имя Оника было его мирским, нецерковным именем — так фамилии на -ин часто закреплялись за простыми людьми.

Если ваш предок — Оникин, то с большой вероятностью его звали Иоанникием, а в быту — Оникой. Фамилия сохранила эту народную форму, обойдя церковный вариант, что делает её живым свидетельством речевой традиции русских деревень.