Фамилия Онуфри — редкий пример фамилии, образованной напрямую от полной церковной формы имени, без привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. В основе лежит каноническое имя Онуфрий (др.-греч. Ὀνούφριος), которое в православной традиции восходит к египетскому пустыннику Онуфрию Великому, жившему в IV веке. Имя это, по наиболее убедительной версии, происходит от древнеегипетского «Уннофр» — «блаженный», «пребывающий в благости», что через греческое посредство вошло в святцы. Таким образом, Онуфри — это не прозвище и не отчество с суффиксом, а застывшая форма имени в именительном падеже, что для русской фамильной системы нетипично.

Отсутствие суффикса указывает на нерусское, скорее всего, украинское, белорусское или польское происхождение. В восточнославянских землях, особенно на Правобережной Украине и в Беларуси, под влиянием польской ономастики фамилии без патронимических окончаний встречаются чаще: достаточно вспомнить фамилии Гоголь, Сковорода или Шевченко (в её раннем варианте). Онуфри могла возникнуть как упрощённая форма записи в документах Речи Посполитой, где требовалось зафиксировать имя крестьянина или мещанина без прибавления «сын такого-то». В метрических книгах XVII–XVIII веков на этих территориях имя Онуфрий нередко записывали как «Онуфрий», а его носителя — просто «Онуфри», по аналогии с другими «голыми» фамилиями вроде Григорий, Василий.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с греческим словом «онуфион» — «ослик». В средневековой греческой традиции это прозвище могло даваться упрямому или работящему человеку, но для славянской почвы такой путь маловероятен — имя Онуфрий никогда не ассоциировалось с ослом, а напротив, почиталось как имя святого. Поэтому основная гипотеза остаётся самой правдоподобной: фамилия Онуфри — это прямое наследие церковного имени, закрепившееся без суффикса в тех регионах, где польская канцелярская традиция смешивалась с восточнославянским именословом.

Географически фамилия встречается фрагментарно: в основном на западе Украины (Волынь, Подолье) и в юго-восточной Польше. В России она редка и часто является результатом переселения или опечатки при записи. Носители фамилии в XIX веке, судя по архивным данным, были преимущественно крестьянами и мелкими ремесленниками — фамилия не даёт оснований предполагать дворянское происхождение, так как знатные роды обычно оформляли свои фамилии с помощью суффиксов -ский или -ович.