Фамилия Падурина — женская форма, а мужская, Падурин, образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: с помощью суффикса -ин. Этот суффикс в прошлом указывал на принадлежность: «чей?» — «Падурин», то есть сын Падуры. Значит, ключ к фамилии — прозвище или мирское имя Падура.

Самая прямая версия связывает основу с глаголом «падать». В русских говорах «падура» — не просто падающий человек, а неловкий, неуклюжий, тот, кто часто оступается или падает. В переносном смысле так могли прозвать и человека с переменчивой судьбой, «падкого» на беды. Встречается и другое диалектное значение: «падура» — это сильный, внезапный ветер, шквал, буря. В таком случае прозвище мог получить человек порывистый, резкий, неспокойный.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским корнем «падыр» (богатырь, силач) или с арабским «фадр» (доблесть). Однако для фамилии, распространённой в центральной России и Поволжье, славянская основа «падать» и её производные выглядят убедительнее. Фамилия Падурин встречается в документах с XVII века: в переписных книгах Воронежского уезда упоминаются служилые люди Падурины. Это указывает, что фамилия могла закрепиться в среде крестьян и однодворцев, то есть была не дворянской, а народной.

Интересно, что фамилия Падурина не имеет распространённого варианта с суффиксом -ов (Падуров), что говорит о локальности её бытования и о том, что прозвище Падура было самодостаточным, не требовало переделки в Падур. Таким образом, предки современных Падуриных — это, скорее всего, люди, получившие прозвище за особенность характера или поведения, и жившие на юге или в центре России.