Фамилия Панасий — редкая и во многом загадочная. В отличие от большинства русских фамилий, она не заканчивается на -ов, -ин или -ский. Это так называемая «нестандартная» фамилия, которая представляет собой застывшее личное имя или прозвище. Скорее всего, в основе лежит имя Панасий — народная, просторечная форма крестильного имени Афанасий (от греческого Athanasios — «бессмертный»). В русской традиции греческое «фита» (θ) часто переходила в «ф» или вовсе опускалась, а начальное «а» могло редуцироваться: так Афанасий превращался в Панасия, Опанаса, Панаса. Фамилия Панасий — это тот случай, когда имя стало родовым прозвищем без добавления типичного суффикса принадлежности.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с греческим словом panagia («всесвятая»), обозначающим Богородицу. Однако в ономастике такие прямые заимствования из греческого в качестве фамилий без адаптации встречаются крайне редко и обычно связаны с духовенством. Если бы фамилия происходила от этого корня, она скорее выглядела бы как Панагин или Панагиев.

География фамилии Панасий подсказывает её происхождение. Она встречается преимущественно на западе и юге России, а также на Украине и в Белоруссии — в тех регионах, где имя Афанасий в народном произношении давало формы вроде Панас, Панасий. Носители фамилии могли быть выходцами из казацкой среды, крестьянами или мещанами. По модели образования фамилия Панасий — аналог таких же «голых» фамилий, как Тарас, Григорий, Лазарь, которые нередко давали не грамотные писцы, записывая человека просто по имени, без отчества или прозвища.

Интересно, что фамилия Панасий почти не имеет однокоренных «родственников» в русской среде. Куда чаще встречаются производные формы: Панасенко, Панасюк, Панасов, Панасьев. Сама же фамилия Панасий осталась в той форме, в какой её когда-то носил конкретный человек — возможно, основатель рода, которого звали именно так, а не Афанасием. Это делает её своеобразным лингвистическим свидетелем живой народной речи, где книжное церковное имя переделали на свой лад.