Фамилия Пашеньков образована от имени или прозвища Пашенька — уменьшительной формы крестильного имени Павел (от латинского paulus — «малый»). В русской народной среде это имя давало множество производных: Паша, Пашка, Пашута, Пашутка, и в том числе Пашенька. Суффикс -енк- здесь не столько уменьшительный, сколько обиходно-ласкательный, характерный для северных и центральных говоров. Фамилии на -ов, образованные от таких форм, типичны для крестьянской среды: они указывали на принадлежность главе семьи, которого в быту звали Пашенькой.

Модель «основа на -а + -ов» (Пашеньк-ов) встречается реже, чем стандартное Пашков или Пашин, и говорит о том, что прозвище закрепилось именно в форме Пашенька. В документах XVII–XVIII веков подобные фамилии фиксировались в основном в районах, где было сильно влияние московского просторечия: Рязанская, Тульская, Калужская губернии. В переписных книгах XVII столетия встречаются крестьяне с именем Пашенька, но как фамилия Пашеньковы оформились позже, ближе к концу XVIII века, когда началась массовая фиксация фамилий за бывшими крепостными.

Суффикс -енк- в фамилии может навести на мысль об украинском происхождении (ср. Пащенко), но для Пашенькова это маловероятно: в украинских фамилиях основа обычно оканчивается на -енк- без наращения -ов (Пащенко, а не Пашеньков). Русский вариант с двойным суффиксом — явление более редкое и локальное. Скорее всего, предки носителя фамилии жили в центральной России и занимались земледелием или ремеслом, а своё прозвище получили по имени отца или деда, которого в семье ласково звали Пашенькой.