Фамилия Пашкеева — женская форма, а мужская, Пашкеев, образована от имени или прозвища Пашкей. Здесь необычен не корень, а суффиксальная модель: не стандартное «Пашков» или «Пашкин», а более редкое «-еев». Это указывает на то, что основа оканчивалась на -ей: Пашкей. Исходное имя Пашкей — это просторечная, уменьшительная форма от канонического имени Павел (в народном произношении — Павел, Павло). В русских говорах суффикс -ей (-ейка) придавал имени ласкательный или фамильярный оттенок, как, например, Иваней от Иван или Андрейка от Андрей. Так что Пашкей — это своего рода «маленький Павел» или «Павлуша», но в местной диалектной обработке.

Словообразовательная цепочка проста: имя Павел → уменьшительное Пашкей → притяжательное прилагательное Пашкеев («сын Пашкея») → фамилия. Суффикс -ев, а не -ов, закрепился из-за мягкого окончания основы на -й. Фамилия сравнительно редкая и, скорее всего, имеет севернорусские или восточные корни: в говорах Вологодчины, Архангельской области и Поволжья форма «Пашкей» встречается чаще, чем в центральных регионах. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с таким именем-прозвищем, но массового распространения фамилия не получила.

Версия о тюркском происхождении (от тюркского имени Пашкей или прозвища «пашкей» — «господин») маловероятна: для русских фамилий с таким суффиксом типична именно христианская основа. Если искать параллели, то Пашкеев стоит в одном ряду с Иванеевым, Степанеевым, Кузьмеевым — все они образованы от народных форм календарных имён. Социальный состав носителей, судя по архивным данным, был крестьянским и мещанским, дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.