Фамилия Пашнин чаще всего происходит от краткой формы крестильного имени Павел. В латыни Павел значит «малый», а имя носил апостол, проповедовавший христианство среди язычников. В быту использовали множество уменьшительных форм: Паша, Пашка, Пашуня, Пашаня. От последней и образовали фамилию по типу «чей сын?» — Пашнин, то есть потомок Пашани. Это самая очевидная версия, и именно её придерживаются большинство исследователей.

Интересно, что основой могло стать и женское крестильное имя Павла — парное к мужскому. Его разговорные варианты вроде Паша или Пашаня тоже встречались, так что фамилия могла закрепиться за потомками женщины с таким именем, хотя это более редкий случай.

Существует и альтернативная, «земледельческая» версия. От слова «пашня» — вспаханное поле, а также хлеб, рожь, жито — могли прозвать пахаря. В этом случае фамилия указывала бы на род занятий предка. В вологодских говорах словом «пашенник» называли беднягу, человека с нелёгкой судьбой, и эта лексика тоже могла оставить след в фамилии. Однако эти трактовки выглядят менее убедительными: имя Пашаня было распространено повсеместно, а прозвища от «пашни» чаще давали бы форму Пашнев или Пашников. Поэтому основная версия — именно от имени Павел.