Фамилия Печеникин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с помощью суффикса принадлежности -ин. Он указывает на то, что в основе лежит прозвище или имя, оканчивающееся на -а или -я: Печеня → сын Печени → Печеникин. То есть фамилия буквально значит «сын (или потомок) Печени».

Корень здесь — «печен-», который напрямую связан с глаголом «печь» и существительным «печень». В дофамильную эпоху прозвище Печеня могли дать по нескольким причинам. Самая вероятная — по роду занятий: так могли называть пекаря, человека, работающего у печи. Второй вариант — по внешности или характеру: «печеным» в народе могли называть смуглого, загорелого человека (как бы «пропечённого» солнцем), либо, напротив, вялого, медлительного (от глагола «печься» — беспокоиться, но в некоторых говорах — «преть», «томиться»). Третий, менее частый — по названию внутреннего органа, но в прозвищах телесные метафоры встречаются редко, поэтому эта версия слабее.

Словообразовательная цепочка проста: прозвище Печеня → притяжательное прилагательное Печенин (чей? — Печенин сын) → фамилия Печеникин. Суффикс -ин в русских фамилиях типичен для северных и центральных областей, в отличие от -ов/-ев, преобладающих на юге и востоке. Поэтому можно предположить, что фамилия Печеникин зародилась где-то в северо-западных или центральных губерниях Европейской России.

Особенность фамилии в том, что она однокоренная с более известными Печников и Печкин, но образована не напрямую от слова «печник», а от личного прозвища. Это делает её более редкой и локальной. В документах XVII–XVIII веков могли фиксировать крестьян и посадских людей с прозвищем Печеня, но массово фамилия закрепилась лишь после отмены крепостного права. Среди дворянства она не встречается — основа слишком прозрачно указывает на простое ремесло или бытовую черту.

Таким образом, предки современных Печеникиных — скорее всего, пекари или люди, чья внешность или характер дали повод для прозвища. Фамилия не несёт в себе сложной символики, но хорошо сохраняет память о занятии или бытовой детали, важной для крестьянской среды.