Фамилия Печенога образовалась от прозвища, которое представляет собой застывшую форму родительного падежа. В основе лежит нарицательное «печеног» — так южные славяне называли печенегов, тюркоязычные племена, кочевавшие по южнорусским степям в X–XII веках. Форма родительного падежа здесь указывает на принадлежность: Печенога — буквально «из рода печенегов» или «сын печенега». Такая модель словообразования редка для русских фамилий, привычнее суффиксы -ов/-ев или -ин, поэтому Печенога выделяется на их фоне и сохраняет архаичный облик.

Этнограф Платон Лукашевич объясняет фонетическую особенность: слово «печеноги» в Южной Руси переходило в «печенёги», а позже в «печенеги», поскольку южные говоры заменяли «ё» на «о». Это же явление отразилось и в фамилии. География подкрепляет версию: в Сербии, в Крагуевской нахии, расположено село Печеног, а неподалеку от Десны — поселение с однокоренным названием Печенiоги. Фамилия широко распространена на Украине, что согласуется с южнославянским и южнорусским происхождением.

Прозвище могло закрепиться за человеком по разным причинам. Самая прямая — участие в сражениях с печенегами, которые считались исконными врагами русичей из-за частых набегов. В 1036 году князь Ярослав Мудрый разбил печенегов под Киевом, и память об этой победе долго жила в народе. Другая версия — плен: Лукашевич пишет, что «сии лютники пекли ноги своим пленникам для воспрепятствования им побега» («Чаромутие или священный язык магов, волхвов и жрецов»). Отсюда и народная этимология: печенога — тот, кому «пекли ноги», то есть побывавший в плену и пострадавший от жестокости кочевников.

Правдоподобнее выглядит первая версия: прозвища часто давали по врагу, с которым человек имел дело, — воевал, торговал или жил по соседству. Версия о плене возможна, но менее типична для ономастики: такие прозвища реже закреплялись в фамилиях. В любом случае, Печенога — редкий пример того, как этноним превратился в личное прозвище, а затем в фамилию, сохранив древнюю форму родительного падежа, которая в современном русском языке почти не встречается.