Фамилия Пенцкий — одна из тех, что на первый взгляд кажется простой, но при ближайшем рассмотрении ставит перед исследователем несколько загадок. Её основа — «Пенц-» — встречается нечасто, и это сразу сужает круг возможных версий.

Самая прямая и правдоподобная версия связывает фамилию с географическим названием. Суффикс «-ский» в русских фамилиях чаще всего указывает на происхождение от имени собственного — топонима или антропонима. В данном случае логичнее всего предположить, что основатель рода происходил из населённого пункта с названием Пенцы, Пенцк или Пенц. Такие топонимы встречаются в западных и южных регионах России, а также в Беларуси и Польше. Например, в Беларуси есть деревня Пенцы, а в исторической Польше — местечко Пенцк (Pęck). Таким образом, Пенцкий — это «тот, кто родом из Пенц», типичная фамилия-указатель на место жительства.

Вторая версия, менее очевидная, но имеющая право на существование, — происхождение от прозвища Пенц. В русских говорах слово «пенц» или «пенцок» могло означать нечто маленькое, короткое или незначительное (от «пень»). Однако в этом случае фамилия скорее звучала бы как Пенцов или Пеньков, а суффикс «-ский» для прозвищного происхождения нехарактерен. Поэтому версия с географической привязкой выглядит убедительнее.

Интересно, что фамилия Пенцкий не входит в число распространённых дворянских родов, зато встречается в среде духовенства. Фамилии на «-ский» часто давали выпускникам семинарий — искусственно, по названию села или храма, где служил отец. Священник, родившийся в селе Пенцы, мог получить фамилию Пенцкий при поступлении в училище. Это объясняет, почему носители фамилии встречаются не только вблизи гипотетического топонима, но и в других регионах — семинаристы разъезжались по всей стране.

В написании фамилии возможна путаница: нередко её путают с более частотной Пенский (от Пена или Пено) или с польской Пенцкевич. Но твёрдое «ц» в корне отличает Пенцкого от этих вариантов и указывает на конкретный источник — скорее всего, на деревню или хутор с таким же названием.