Фамилия Перегрин — редкий случай в русском ономастиконе. Скорее всего, это не исконно русская фамилия, а заимствованная, и её происхождение уходит корнями в латынь. В основе лежит латинское слово peregrinus — «чужеземец, странник, пилигрим». В средневековой Европе так называли паломников, идущих к святым местам, а позже — просто путешественников или иностранцев. В русский язык слово попало через западноевропейские языки, где фамилия Peregrin (или Peregrine) встречается в Англии, Франции, Италии.

Как она могла оказаться в России? Самый вероятный путь — через обрусевших иностранцев. В XVIII–XIX веках в Россию приезжало много специалистов из Европы: врачей, инженеров, военных, аптекарей. Фамилию Перегрин мог получить выходец из немецких или французских земель, который осел в России. Со временем написание и произношение адаптировались под русскую фонетику, а суффикс «-ин» (или его отсутствие) закрепил фамилию в мужском роде.

Менее вероятная, но возможная версия — искусственное происхождение. В духовных семинариях XVIII века ученикам нередко давали «говорящие» фамилии на латыни или греческом. Peregrinus («странник») могло стать прозвищем семинариста, который пришёл учиться издалека. Однако такие фамилии обычно имели характерные окончания (Перегринский, Перегринов), а простая форма «Перегрин» больше похожа на реальное родовое имя.

Обратите внимание на ударение. В русском языке фамилию чаще произносят с ударением на последний слог — Перегри́н, что сближает её с типичными западноевропейскими фамилиями. Если бы она была исконно славянской, ударение, скорее всего, падало бы на второй слог (Пере́грин) или на первый.

Фамилия крайне редкая. В дореволюционных справочниках и современных базах она встречается единично. Это значит, что носители, скорее всего, принадлежат к одному или нескольким родственным родам, ведущим начало от конкретного переселенца. Проследить историю такой фамилии можно только по архивным документам — метрическим книгам или ревизским сказкам тех губерний, где она зафиксирована.