Фамилия Перегрина почти наверняка искусственного происхождения: её основа — латинское слово peregrinus, то есть «чужеземец, иностранец». В Древнем Риме перегринами называли лично свободных людей, которые не имели римского гражданства. После Латинской войны 340–338 годов до н. э. из этого разряда исключили и латинов: сначала перегринами были жители союзных Риму городов Средиземноморья, затем, после Союзнической войны 90–88 годов до н. э., — италики, а позднее провинциалы. Эдикт Каракаллы 212 года резко сократил число перегринов, а при Юстиниане на их положении остались лишь жители отдалённых пограничных районов империи.

Однако есть и вторая версия, не менее правдоподобная: в основе фамилии может лежать христианское личное имя Перегрин, образованное от того же самого слова. В этом случае фамилия возникла бы не как книжный или канцелярский термин, а как прозвище или крестильное имя, которое затем закрепилось за потомками.

Сама форма слова — Перегрина, а не Перегрин или Перегринов — подсказывает, что перед нами не типичная русская патронимическая модель с суффиксом -ов/-ев или -ин. Скорее это либо фамилия в форме женского рода, либо следы западноевропейского влияния, где окончание -а часто указывает на латинский или итальянский источник. В русской традиции такие фамилии нередко давали в духовных училищах и семинариях: будущим священникам присваивали благозвучные фамилии от латинских корней, и peregrinus — «странник, пришелец» — вполне подходящий кандидат для такого наречения.

Процесс формирования фамилий был длительным, поэтому точно определить время и место происхождения рода Перегриных можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований. Но в любом случае — и от римского правового статуса, и от христианского имени — фамилия несёт один и тот же смысл: «чужеземец», «путник», «тот, кто пришёл издалека».