Фамилия Перекипная — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве исходной, а мужской вариант (Перекипной) встречается намного реже. Сама основа «перекип-» отсылает к глаголу «перекипеть» — то, что перекипело, утратило первоначальную остроту или силу. В прямом смысле так говорили о жидкости, которая вскипела и остыла, в переносном — о человеке, успокоившемся после вспышки гнева или пережившем бурные события.

Модель образования нестандартна. Обычно фамилии на -ой/-ая в русской традиции (например, Толстой, Кривая) происходят от прилагательных или причастий, которые становились прозвищами. Перекипная — это субстантивированное причастие прошедшего времени женского рода: «перекипевшая» (женщина). Такая форма могла возникнуть в среде, где прозвище давалось по яркой черте характера или по случаю из жизни, и закрепилось за женщиной как главой семьи или вдовой.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским говорам, где активно использовались формы причастий на -лый, -лая (ср. фамилии Загорелый, Обгорелая). В документах XVII–XVIII веков можно встретить похожие прозвища: «Перекипел», «Перекипевший», но именно форма Перекипная фиксируется позже, вероятно, как результат перехода прозвища в фамилию без изменения окончания.

В ономастической литературе фамилия не упоминается в крупных словарях (Унбегауна, Никонова), что подтверждает её редкость. Скорее всего, она возникла в одной локальной группе, возможно, среди казачества или крестьян южных губерний, где прозвища по действию или состоянию были обычным делом. Носительница фамилии Перекипная в прошлом могла быть женщиной, которую прозвали за спокойный нрав или за то, что она «перекипела» после тяжёлой утраты.