Фамилия Перешкова — женская форма от Перешков, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ов/-ев указывает на происхождение от личного прозвища или имени отца: Перешко. Суффикс -к- в основе (Перешк-) — уменьшительный или пренебрежительный, характерный для украинской, белорусской и южнорусской традиции словообразования. То есть Перешко — это не полное имя, а производное, «усечённая» форма от какого-то более длинного имени или прозвища.

Корень «переш-» неочевиден. Самая прямая версия — связь с глаголом «перешить» или существительным «перешивка». В этом случае прозвище Перешко могли дать портному, который занимался перешиванием старой одежды, или человеку, который часто что-то перешивал, переделывал. В крестьянском быту такая профессия была востребована, и прозвища по ремеслу — один из самых частых источников фамилий. Менее вероятно, но возможно происхождение от диалектного «перешк» — так в некоторых говорах называли перегородку, забор или препятствие; тогда прозвище могло относиться к человеку, жившему за такой перегородкой или отличавшемуся упрямством.

География фамилии Перешков (и Перешкова) тяготеет к югу России и востоку Украины. Встречается она нечасто, что говорит о локальном, возможно, однодворческом или казачьем происхождении. В документах XVII–XVIII веков можно найти единичные упоминания служилых людей с такой фамилией в Белгородской и Воронежской губерниях, что косвенно подтверждает связь с ремеслом: портные были нужны и в военных гарнизонах.

В отличие от фамилий на -ин (типа Перешин), суффикс -ов в Перешкове указывает на то, что основа оканчивалась на согласный. Это дополнительно подтверждает, что исходное прозвище звучало именно как Перешко, а не Переша. Других однокоренных фамилий, например Перешковский, практически нет, что делает Перешковых довольно обособленной группой.