Фамилия Пертушкина — женская форма, а её мужской вариант — Пертушкин. В основе фамилии лежит имя или прозвище Пертушка, и здесь читатель сталкивается с редким случаем в русской ономастике: не с уменьшительным от Петра (Петрушка), а с самостоятельным образованием от диалектного слова.

Слово «пертушка» в русских говорах (особенно в северных и сибирских) означало «петух» — именно так, через «р», произносили это слово в некоторых местностях. Человек, получивший прозвище Пертушка, мог быть задиристым, шумным или просто державшимся важно, как петух. В архангельских и вологодских говорах слово «пертушок» встречается в записях XIX века — там же, где и фамилия Пертушкин фиксируется в переписях. Таким образом, фамилия имеет не столько «птичье», сколько характеристическое происхождение: предок Пертушкиных был, скорее всего, бойким или горластым человеком.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Пертушкин, то есть сын или потомок Пертушки. По сословному составу фамилия крестьянская и мещанская, что подтверждается её распространением в Вологодской, Архангельской и отчасти Вятской губерниях. В центральных и южных регионах России фамилия практически не встречается — это надёжный маркер её северного происхождения.

Ошибочно связывать Пертушкина с именем Пётр: от Петра образуются Петрушкин, Петров, Петровский, но не Пертушкин. Фонетический переход «е» в «ё» здесь не работает — корень другой, диалектный. Так что если вы носите эту фамилию, ваш предок, скорее всего, жил на Русском Севере и получил прозвище за характер, а не за профессию или имя святого.