Фамилия Пигаркин — редкий случай, когда за привычным русским окончанием скрывается имя, данное по птице. В основе лежит мирское имя Пигарка, а оно, в свою очередь, — производная форма от имени Пигарь. Так в некоторых русских говорах называли хохлатого нырка, небольшую утку с характерным хохолком на голове.

Мирские имена по названиям птиц и животных были широко распространены у славян до принятия христианства и долго сосуществовали с крестильными именами. Давая ребёнку имя Пигарь, родители вкладывали в него обережный смысл: считалось, что природа будет воспринимать малыша как своего, а сам он перенимает у птицы её полезные качества — ловкость, умение нырять, связь с водной стихией. Такое имя не было редкостью в крестьянской среде, где человек ощущал себя частью природного мира.

Суффикс -к- в форме Пигарка указывает на уменьшительно-ласкательное, обиходное употребление имени. А вот фамильный суффикс -ин — один из самых распространённых в русской ономастике: он отвечает на вопрос «чей?» и означает принадлежность роду человека по имени Пигарка. Так что Пигаркин буквально значит «сын (или потомок) Пигарки».

Менее вероятно, что в основе лежит прозвище, а не имя. Пигаркой могли в насмешку назвать человека, который внешне или поведением напоминал нырка — например, сутулился, втягивал голову в плечи или, наоборот, отличался нелюдимостью. Но в пользу имени-оберега говорит сам тип: имена от названий птиц в русской традиции встречаются гораздо чаще, чем прозвища, построенные на сравнении с ними.

Родственные фамилии — Пигарев, Пигаров, Пигарёв — образованы от той же основы. Если Пигаркины встречаются реже, то Пигаревы довольно распространены, что подтверждает: корень здесь не случайный и не заимствованный, а исконно русский, связанный с народной зоологической лексикой.

Точное место и время возникновения фамилии Пигаркин назвать сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, а письменные источники по крестьянским родам часто скудны. Но сам факт, что фамилия сохранилась в форме с -ин, а не с -ов, говорит о её давнем бытовании именно в той среде, где имя Пигарка передавалось из поколения в поколение как родовое.