Фамилия Пилипнко звучит на слух как украинская, и это первое, что бросается в глаза: суффикс -енко (в данном случае в форме -нко) — классический признак украинской фамилии, образованной по патронимической модели, то есть от имени отца. Основа здесь — Пилип, украинский вариант канонического имени Филипп. В народной речи звук «ф» часто заменялся на «п», поэтому Филипп превратился в Пилип. Соответственно, Пилипнко — это буквально «маленький Пилип» или, точнее, «сын Пилипа».

Интересная особенность этой фамилии — редукция суффикса. В классическом украинском патрониме было бы Пилипенко (с полным -енко), но в ряде регионов, особенно на западе и в некоторых говорах центральной Украины, конечная гласная отпадала, и фамилия закреплялась в форме Пилипнко. Такое усечение встречается реже, чем полная форма, поэтому Пилипнко — не просто вариант, а маркер конкретной диалектной зоны. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Пилипенко — самый частый вариант, Пилипов — русская калька (от Филиппов), а Пилипнко стоит особняком как локальная, более редкая форма.

По сословному происхождению фамилия, скорее всего, крестьянская или казацкая. В среде реестровых казаков и мещан патронимы на -енко были основным способом фамилиеобразования в XVI–XVII веках. Дворянские фамилии чаще оформлялись на -ский или -ов, так что Пилипнко — это фамилия простого человека, чьего предка звали Пилип. Никаких сложных прозвищ или ремесел за ней не стоит: только имя отца, перешедшее к детям.

В написании возможны путаницы: из-за глухого «п» на конце иногда пишут Пилипко, но это уже другая фамилия (от уменьшительной формы Пилипко, а не от Пилип). Встречается также вариант через «ф» — Филипнко, но он искусственный, возникший при русификации документов. Истинная, народная форма — именно через «п».