Фамилия Пинчугов, скорее всего, образована от прозвища Пинчуг. В основе, вероятно, лежит гидроним — название реки Пинчуги в Красноярском крае. Такая модель типична для русских фамилий: прозвище по месту жительства или происхождению, а затем фамилия по отцу. Человек, переселившийся с берегов Пинчуги или живший на них, получал прозвище Пинчуг, а его потомки становились Пинчуговыми.

Сам гидроним, по версии исследователей, может восходить к коми-пермяцким словам «пинь» — «зуб» и «чук» — «вершина горы, небольшая возвышенность». Такое название указывает на характер местности: вероятно, берега реки имели зубчатые скалистые очертания или напоминали гребень с острыми вершинами. Не исключено, что прозвище Пинчуг закреплялось за человеком, жившим в холмистой, «зубчатой» местности, или же было связано с особенностями характера — цепкостью, неуступчивостью, но эта версия менее правдоподобна.

Суффикс -ов в фамилии указывает на притяжательное значение: Пинчугов — сын Пинчуга. Это стандартная модель русских фамилий, закрепившаяся в XV–XVII веках. Стоит отметить, что фамилия редкая и географически привязана к Сибири, что отличает её от более распространённых «речных» фамилий европейской части России. Встречается она и в формах Пинчугский, Пинчужников, но Пинчугов — самая простая и прямая по словообразованию.