Фамилия Пинчугов — редкий пример, когда за основу фамилии взято не имя, не ремесло, а гидроним, то есть название реки. Если отбросить типичный для русских фамилий суффикс принадлежности -ов, останется прозвище Пинчуг. Так в старину могли называть человека, который пришёл с берегов реки Пинчуги в Красноярском крае. Для здешних мест такая модель типична: переселенцы часто получали прозвища по тому месту, откуда приехали, а их дети уже становились Пинчуговыми.

Сам гидроним Пинчуга старше фамилии и уходит корнями в языки народов, населявших Сибирь до прихода русских. Лингвисты разбирают его на два коми-пермяцких слова: «пинь» — зуб и «чук» — вершина горы или небольшая возвышенность. Вместе они складываются в образное название — «зуб-гора» или «гора с зубцом». Если учесть, что река течёт среди холмов и скалистых выходов, такое имя выглядит точным топографическим описанием: древние жители подметили характерную пикообразную вершину и перенесли её название на водный поток.

Впрочем, у этой версии есть слабое место. Коми-пермяцкий язык распространён в Предуралье, а не в Красноярском крае, поэтому топоним могли принести с собой первопроходцы или он возник на стыке культур. Но более правдоподобной альтернативы нет: версия о связи фамилии с украинским регионом Пинчуччина отпадает, потому что там фамилии образовывались бы как Пинчук, а не Пинчуг. Форма с конечным -уг указывает скорее на северное, поморское или уральское происхождение, где коми-пермяцкое влияние было сильным.

Суффикс -ов в фамилии — классический притяжательный формант, отвечающий на вопрос «чей?». Первоначально Пинчугов означало «сын Пинчуга» или «человек из рода Пинчуга». Такая модель была самой распространённой в центральной и северной России, что косвенно подтверждает: фамилия сложилась не на юге, а там, где русские колонисты смешивались с финно-угорским населением.

Точное время возникновения фамилии не установить: прозвища закреплялись за семьями постепенно, на протяжении нескольких поколений, и письменные источники по сибирской глубинке скудны. Можно лишь предположить, что активный период формирования фамилий на -ов пришёлся на XVI–XVII века, когда шло массовое освоение Сибири и выходцы с Урала оседали по берегам таёжных рек. Пинчуговы, вероятно, были потомками таких первопроходцев, а их фамилия — осколок той эпохи, когда имя реки становилось именем рода.